Ruchome elementy genetyczne bakterii

tu jesteś: grupa badawcza - Ruchome elementy genetyczne bakterii

RUCHOME ELEMENTY GENETYCZNE BAKTERII

PROWADZĄCY GRUPĘ BADAWCZĄ

Prof. dr hab. Dariusz Bartosik p.319a/A
tel. (+48) 22 55 41 318;

SKŁAD OSOBOWY

dr hab. Łukasz Dziewit,
dr Jadwiga Baj,
dr Jakub Czarnecki,
dr Magdalena Szuplewska

Pracownicy zatrudnieni do realizacji projektów badawczych:
mgr Adrian Górecki,
mgr Olga Stępowska,
lic Emilia Prochwicz

doktoranci:
mgr Marcin Adamczuk,
mgr Cora Chmielowska,
mgr Anna Ciok (laureatka Diamentowego Grantu MNiSW),
mgr Przemysław Decewicz,
mgr Robert Lasek (laureat Diamentowego Grantu MNiSW),
mgr Aleksandra Pawłot,
mgr Krzysztof Romaniuk,
mgr Paweł Wawrzyniak

PROBLEMATYKA BADAWCZA:

Identyfikacja i badanie molekularnych podstaw funkcjonowania ruchomych elementów genetycznych bakterii

Badania z dziedziny genomiki przynoszą olbrzymią ilość informacji, których analiza uświadamia, że genomy bakteryjne są bardzo plastyczne i ulegają wielu rearanżacjom strukturalnym. Główną rolę w generowani tej zmienności odgrywają ruchome elementy genetyczne (MGE, ang. mobile genetic elements), które są zdolne m.in. do przenoszenia informacji genetycznej między komórkami nawet odległych filogenetycznie gatunków bakterii. Proces ten nosi nazwę horyzontalnego transferu genów (HTG, ang. horizontal gene transfer).

W Zakładzie Genetyki Bakterii od wielu lat prowadzone są badania dwóch typów MGE:

plazmidów bakteryjnych - które pełnią rolę naturalnych wektorów genetycznych oraz
elementów transpozycyjnych (TE, ang. transposable elements), które ze względu na swój rekombinogenny charakter, odgrywają kluczową rolę w kształtowaniu struktury genomów bakteryjnych.

Elementy te identyfikowane są w bakteriach z rodzaju Paracoccus (Alphaproteobacteria) oraz Pseudomonas (Gammaproteobacteria). Bakterie te izolowane są z różnorodnych środowisk, m.in. takich jak: ścieki, biofiltry, bioreaktory, zanieczyszczone bądź zasolone gleby, piasek morski, ryzosfera, wodorosty, jak również środowisko kliniczne (zakażenia szpitalne). Zarówno Paracoccus spp. jak i Pseudomonas spp. charakteryzują się bardzo zróżnicowanym metabolizmem. Ze względu na możliwość rozkładu wielu toksycznych związków, bakterie te są wykorzystywane w procesach bioremediacji skażonych środowisk.

Identyfikacja i charakterystyka plazmidów bakteryjnych. Plazmidy są to pozachromosomowe, koliste lub liniowe cząsteczki DNA. Elementy te nie kodują, kluczowych dla bakterii, genów metabolizmu podstawowego. Nie są one jednak wyłącznie "samolubnym" DNA, wymykającym się doborowi naturalnemu dzięki zdolności do autonomicznej replikacji i możliwości koniugacyjnego rozprzestrzeniania się. Wiele plazmidów koduje geny warunkujące różnorodne cechy fenotypowe (np. oporność na antybiotyki bądź jony metali ciężkich, zdolność do wykorzystania trudno przyswajalnych źródeł węgla, wiązania azotu cząsteczkowego), których ekspresja, w określonych warunkach środowiska, może zapewnić znaczną przewagę gospodarzowi w konkurencji z innymi mikroorganizmami.

Prowadzone badania mają zarówno wymiar poznawczy, jak i aplikacyjny. Ich celem jest:

poznanie struktury plazmidów bakteryjnych. Realizowane są projekty genomiczne, w wyniku których odczytywane są sekwencje nukleotydowe plazmidów. Analizy bioinformatyczne i funkcjonalne umożliwiają wyróżnienie: (I) konserwowanego szkieletu plazmidów (ang. plasmid backbone), kodującego najważniejsze dla funkcjonowania replikonu funkcje (replikacja, stabilność, transfer koniugacyjny) oraz (II) modułów wpływających na fenotyp gospodarza, które często znajdują zastosowania w biotechnologii;
określenie molekularnych podstaw funkcjonowania systemów odpowiedzialnych za (I) replikację plazmidów, (II) ich stabilność (systemy toksyna-antytoksyna; systemy partycyjne) oraz mobilizację do transferu koniugacyjnego (np. Bartosik i wsp., J. Bacteriol. 2001; Dziewit i wsp., J. Bacteriol. 2007);
wykorzystanie modułów "fenotypowych" plazmidów do konstrukcji narzędzi bądź szczepów użytecznych w inżynierii genetycznej, biotechnologii lub procesach bioremediacji;
konstrukcja nowych wektorów wahadłowych dostosowanych do prowadzenia analiz genetycznych bakterii z klasy Alphaproteobacteria.

Analiza elementów transpozycyjnych. Do identyfikacji TE wykorzystywane są tzw. wektory pułapkowe, które umożliwiają pozytywną selekcję zdarzeń transpozycyjnych (Sołyga i Bartosik, Pol. J. Microbiol., 2004). Takie podejście umożliwia identyfikację w pełni funkcjonalnych elementów, które można wykorzystać do konstrukcji narzędzi, użytecznych m.in. do mutagenezy transpozonowej bakterii z klasy Alphaproteobacteria.
Przeprowadzone dotychczas analizy umożliwiły m.in. identyfikację (I) wielu nieopisanych wcześniej sekwencji insercyjnych (np. Bartosik i wsp., J. Bacteriol. 2003), (II) transpozycyjnej wyspy genomowej TnPpa1 (Mikosa i wsp., Microbiology 2006), (iii) elementów transpozycyjnych nowego typu, tzw. modułów transpozycyjnych (TMo) (Bartosik i wsp., J. Bacteriol. 2008) oraz (iv) nieopisanej wcześniej grupy nieautonomicznych elementów transpozycyjnych z grupy MITE (ang. miniature inverted repeat transposable elements). Prowadzone są również badania mające na celu poznanie mechanizmów transpozycji niektórych typów zidentyfikowanych przez nas TE.

DOROBEK NAUKOWY (od roku 2000)

Zobacz wszystkie | Zamknij wszystkie

Prace oryginalne

diCenzo G.C., Checcucci A., Bazzicalupo M., Mengoni A., Viti C., Dziewit L., Finan T.M., Galardini M. and M. Fondi. 2016. Metabolic modelling reveals the specialization of secondary replicons for niche adaptation in Sinorhizobium meliloti. Nat. Commun. 7:12219.
Adamczuk M. and L. Dziewit. 2016. Genome-based insights into the resistome and mobilome of multidrug-resistant Aeromonas sp. ARM81 isolated from wastewater. Arch. Microbiol. doi:10.1007/s00203-016-1285-6.
Ciok A., Adamczuk M., Bartosik D. and L. Dziewit. 2016. Identification and characterization of putative integron-like elements of the heavy metal-hypertolerant strains of Pseudomonas spp. J. Microbiol. Biotechnol. doi: 10.4014/jmb.1605.05068.
Ciok A., Dziewit L., Grzesiak J., Budzik K., Gorniak D., Zdanowski M.K. and D. Bartosik. 2016. Identification of miniature plasmids in psychrophilic Arctic bacteria of the genus Variovorax. FEMS Microbiol. Ecol. 92:fiw043.
Dziewit L. and M. Radlinska. 2016. Two inducible prophages of an Antarctic Pseudomonas sp. ANT_H14 use the same capsid for packaging their genomes – characterization of a novel phage helper-satellite system. PLoS ONE 11:e0158889.
Dziewit L. and M. Radlinska. 2016. Two novel temperate bacteriophages co-existing in Aeromonas sp. ARM81 - characterization of their genomes, proteomes and DNA methyltransferases. J. Gen. Virol. 97:2008-2022.
Kasprzyk J., Piechowicz L., Wiśniewska K., Dziewit L., Bronk M. and K. Świeć. 2015. Differentiation of spa types and staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) in clinical methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated in medical sites of Gdańsk region. Med. Dośw. Mikrobiol. 67:79-88.
Korsak D., Szuplewska M. 2016. Characterization of nonpathogenic Listeria species isolated from food and food processing environment. Int. J. Food Microbiol. 238:274-280.
Dziewit L., Czarnecki J., Prochwicz E., Wibberg D., Schlüter A., Pühler A., Bartosik D. 2015. Genome-guided insight into the methylotrophy of Paracoccus aminophilus JCM 7686. Front Microbiol. 6:852.
Dziewit L., Pyzik A., Szuplewska M., Matlakowska R., Mielnicki S., Wibberg D., Schlüter A., Pühler A., Bartosik D. 2015. Diversity and role of plasmids in adaptation of bacteria inhabiting the Lubin copper mine in Poland, an environment rich in heavy metals. Front. Microbiol. 6:152.
Adamczuk M., Zaleski P., Dziewit L., Wolinowska R., Nieckarz M., Wawrzyniak P., Kieryl P., Plucienniczak A., Bartosik D. 2015. Diversity and global distribution of IncL/M plasmids enabling horizontal dissemination of ß-lactam resistance genes among the Enterobacteriaceae. Biomed Res. Int. 2015: 414681.
Dziewit L., Pyzik A., Romaniuk K., Sobczak A., Szczesny P., Lipinski L., Bartosik D., Drewniak L. 2015. Novel molecular markers for the detection of methanogens and phylogenetic analyses of methanogenic communities. Front. Microbiol. 6: 694.
Czarnecki J., Dziewit L., Kowalski L., Ochnio M., Bartosik D. 2015. Maintenance and genetic load of plasmid pKON1 of Paracoccus kondratievae, containing a highly efficient toxin-antitoxin module of the hipAB family. Plasmid 80:45-53.
Dziewit L., Bartosik D. 2014. Plasmids of psychrophilic and psychrotolerant bacteria and their role in adaptation to cold environments. Front. Microbiol. 5:596
Szuplewska M., Ludwiczak M., Lyzwa K., Czarnecki J., Bartosik D. 2014. Mobility and generation of mosaic non-autonomous transposons by Tn3-derived inverted-repeat miniature elements (TIMEs). PLoS One 9:e105010.
Dziewit L. Oscik K., Bartosik D., Radlinska M. 2014. Molecular characterization of a novel temperate sinorhizobium bacteriophage, ФLM21, encoding DNA methyltransferase with CcrM-like specificity. J. Virol. 88:13111-24.
Jagielski T., Ignatowska H., Bakuła Z., Dziewit L., Napiórkowska A, Augustynowicz-Kopeć E., Zwolska Z., Bielecki J. 2014. Screening for streptomycin resistance-conferring mutations in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from Poland. PLoS ONE 9: e100078.
Sivanesan A., Witkowska E., Adamkiewicz W., Dziewit L., Kamińska A., Waluk J. 2014. Nanostructured silver-gold bimetallic SERS substrate for selective identification of bacteria in human blood. Analyst 139: 1037-1043.
Dziewit L., Czarnecki J., Wibberg D., Radlinska M., Mrozek P., Szymczak M., Schlüter A., Pühler A. and D. Bartosik. 2014. Architecture and functions of a multipartite genome of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686, containing primary and secondary chromids. BMC Genomics 15:124.
Maj, A., L. Dziewit, J. Czarnecki, M. Wlodarczyk, J. Baj, G. Skrzypczyk, D. Giersz, and D. Bartosik. 2013. Plasmids of carotenoid-producing Paracoccus spp. (Alphaproteobacteria) - structure, diversity and evolution. PLoS ONE 8:e80258.
Dziewit, L., J. Grzesiak, A. Ciok, M. Nieckarz, M. K. Zdanowski and D. Bartosik. 2013. Genetic analysis of three plasmids of Pseudomonas sp. GLE121, a psychrophile isolated from surface ice of Ecology Glacier (Antarctica). Plasmid 70:254-262.
Dziewit, L., A. Pyzik, R. Matlakowska, J. Baj, M. Szuplewska and D. Bartosik. 2013. Characterization of Halomonas sp. ZM3 isolated from the Zelazny Most post-flotation waste reservoir, with a special focus on its mobile DNA. BMC Microbiol. 13:59.
Dziewit, L., Cegielski A., Romaniuk, K., Uhrynowski, W. Szych, A., Niesiobedzki, P., Zmuda-Baranowska, M.J., Zdanowski M.K. and D. Bartosik. 2013. Plasmid diversity in arctic strains of Psychrobacter spp. Extremophiles. 17:433-444.
Drewniak, .L., Dziewit, L., Ciezkowska M., Gawor, J., Gromadka, R. and A. Sklodowska. 2013. Structural and functional genomics of plasmid pSinA of Sinorhizobium sp. M14 encoding genes for the arsenite oxidation and arsenic resistance. J. Biotechnol. 164:479-88.
Dziewit L., J. Baj, M. Szuplewska, A. Maj, M. Tabin, A. Czyzkowska, G. Skrzypczyk, M. Adamczuk, T. Sitarek, P. Stawinski, A. Tudek, K. Wanasz, E. Wardal, E. Piechucka and D. Bartosik. 2012. Insights into the transposable mobilome of Paracoccus spp. (Alphaproteobacteria). PLoS ONE 7: e32277
Lasek R., L. Dziewit and D. Bartosik. 2012. Plasmid pP62BP1 of an Arctic strain of Psychrobacter sp. carries two highly homologous type II restriction-modification systems and a putative operon for the organic sulfates metabolism. Extremophiles 16:363-376.
Smorawinska M., M. Szuplewska, P. Zaleski, P. Wawrzyniak, A. Maj, A. Plucienniczak, and D. Bartosik. 2012. Mobilizable narrow host range plasmids as natural suicide vectors enabling horizontal gene transfer among distantly related bacterial species. FEMS Microbiol. Lett. 326:76-82.
Dziewit L., M. Adamczuk, M. Szuplewska and D. Bartosik. 2011. DIY series of genetic cassettes useful in construction of versatile vectors specific for Alphaproteobacteria. J. Microbiol. Methods. 86:166-174.
Dziewit L., K. Kuczkowska, M. Adamczuk, M. Radlinska and D. Bartosik. 2011. Functional characterization of the type II PamI restriction-modification system derived from plasmid pAMI7 of Paracoccus aminophilus JCM 7686. FEMS Microbiol. Lett. 324:56-63.
Dziewit, L., M. Dmowski, J. Baj, and D. Bartosik. 2010. Plasmid pAMI2 of Paracoccus aminophilus JCM 7686 carries N,N-dimethylformamide degradation-related genes whose expression is activated by a LuxR family regulator. Appl. Environ. Microbiol. 76:1861-1869
Szuplewska, M., and D. Bartosik. 2009. Identification of a mosaic transposable element of Paracoccus marcusii composed of insertion sequence ISPmar4 (ISAs1 family) and an IS1247a-driven transposable module (TMo). FEMS Microbiol. Lett. 292:216-221,
Bartosik, D., M. Putyrski, L. Dziewit, E. Malewska, M. Szymanik, E. Jagiello, J. Lukasik and J. Baj. 2008. Transposable modules generated by a single copy of insertion sequence ISPme1 and their influence on structure and evolution of natural plasmids of Paracoccus methylutens DM12. J. Bacteriol. 190:3306-3313,
Dziewit, L., M. Jazurek, L, Drewniak, J. Baj, and D. Bartosik. 2007. SXT conjugative element and linear prophage N15 encode novel type of toxin-antitoxin stabilizing systems homologous to tad-ata locus of plasmid pAMI2 of Paracoccus aminophilus. J. Bacteriol 189:1983-1997,
Szymanik, M,. R. Welc-Falęciak, D. Bartosik, and M. Włodarczyk. 2006. The replication system of plasmid pMTH4 of Paracoccus methylutens DM12 contains an enhancer. Pol. J. Microbiol. 55:261-270
Mikosa, M., M. Sochacka-Pietal, J. Baj, and D. Bartosik. 2006. Identification of a transposable genomic island of Paracoccus pantotrophus DSM 11072 by its transposition to a novel entrapment vector pMMB2. Microbiology 152:1063-1073,
Dolowy, P., J. Mondzelewski, R. Zawadzka, J. Baj, and D. Bartosik. 2005. Cloning and characterization of a region responsible for the maintenance of megaplasmid pTAV3 of Paracoccus versutus UW1. Plasmid 53:239-250,
Szymanik, M., D. Bartosik, and M. Włodarczyk. 2004. Genetic organization of the basic replicon of plasmid pMTH4 of a facultatively methylotrophic bacterium Paracoccus methylutens DM12. Curr. Microbiol. 48:291-294,
Bartosik, D., M. Sochacka, and J. Baj. 2003. Identification and characterization of transposable elements of Paracoccus pantotrophus. J. Bacteriol. 185:3753-3763,
Bartosik, D., M. Szymanik, and J. Baj. 2003. Insertion sequences of Paracoccus solventivorans - characterization and distribution. Appl. Environ. Microbiol. 69:7002-7008,
Bartosik, D., J. Baj, A. A. Bartosik, and M. Włodarczyk. 2002. Characterization of the replicator region of megaplasmid pTAV3 of Paracoccus versutus and search for the plasmid encoded traits. Microbiology 148:871-881
Bartosik, D., J. Baj, E. Piechucka, and M. Włodarczyk. 2002. Molecular characterization of functional modules of plasmid pWKS1 of Paracoccus pantotrophus DSM 11072. Microbiology 148:2847-2856,
Bartosik, D., J. Baj, E. Piechucka, E. Waker, and M. Włodarczyk. 2002. Comparative characterization of paracoccal type repABC replicons. Plasmid 48:130-141,
Bartosik, D., M. Szymanik, and E. Wysocka. 2001. Identification of the partitioning site within the repABC-type replicon of the composite Paracoccus versutus plasmid pTAV1. J. Bacteriol. 183:6234-6243,
Bartosik, D., M. Witkowska, J. Baj, and M. Włodarczyk. 2001. Characterization and sequence analysis of the replicator region of the novel plasmid pALC1 from Paracoccus alcaliphilus. Plasmid 45:222-226
Baj, J., E. Piechucka, D. Bartosik, and M. Włodarczyk. 2000. Plasmid occurrence and diversity in the genus Paracoccus. Acta Microbiol Pol. 49:265-270,

Patenty

Bartosik D., Maj A., Dziewit Ł., Czarnecki J., Garstka M., Gieczewska K., Furmańczyk E. i Baj J. 2015. Zgłoszenie patentowe międzynarodowe nr PCT/IB2015/051782 (z dnia 11.03.2015), pt. „Plasmid pCRT01 and construction thereof, novel bacterial strains, uses thereof and methods of producing carotenoids”.
Drewniak Ł., Poszytek K., Dziewit Ł., Skłodowska A. 2015. Zgłoszenie patentowe krajowe nr P.413998 (z dnia 18.09.2015), pt. „Lipo-Prep - preparat mikrobiologiczny do katalizowania rozkładu białek, tłuszczy oraz trudno rozkładalnych związków organicznych”.
Dziewit Ł., Bartosik D., Romaniuk K., Drewniak Ł., Pyzik A., Sobczak A. i Lipiński L. 2014. Zgłoszenie patentowe krajowe nr P.408466 (z dnia 06.06.2014), pt. „Markery molekularne do identyfikacji oraz badania obecności konsorcjów metanogennych”.
Bartosik D., Maj A., Dziewit Ł., Czarnecki J., Garstka M., Gieczewska K., Furmańczyk E. i Baj J. 2014. Zgłoszenie patentowe krajowe nr P.407493 (z dnia 12.03.2014), pt. „Plazmid pCRT01 i jego konstrukcja, nowe szczepy bakteryjne, ich zastosowania oraz sposoby wytwarzania karotenoidów”.

Prace przeglądowe

Czarnecki, J., D. Bartosik. 2016. Koncepcja chromidu i jej znaczenie dla klasyfikacji pozachromosomowych replikonów bakterii. Post. Mikrobiol. 55:215-223.
Szuplewska M., Czarnecki J., Bartosik D. 2015. Autonomous and non-autonomous Tn3-family transposons and their role in the evolution of mobile genetic elements. Mob. Genet. Elem. 4:1-4.
Dziewit L., Bartosik D. 2015. Comparative analyses of extrachromosomal bacterial replicons, identification of chromids and experimental evaluation of their indispensability. In: Methods in Molecular Biology: Bacterial pangenomics. Edited by Mengoni A., Galardini M., Fondi M. 1231:15-29. Springer Protocols/Humana Press, USA, New York.
Bocian-Ostrzycka KM, Grzeszczuk MJ, Dziewit L, Jagusztyn-Krynicka EK. 2015. Diversity of the Epsilonproteobacteria Dsb (disulfide bond) systems. Front Microbiol. 6:570.
Dziewit Ł., D. Bartosik. 2011. Genomy prokariotyczne w świetle analiz genomicznych. Post. Mikrobiol. 50:87-96.
Włodarczyk M., D. Giersz. 2006. Plazmidy liniowe u bakterii. Post. Mikrobiol. 45:5-18
Włodarczyk, M., and G. Rudzicz. 2005. Megaplazmidy; próba definicji, rozpowszechnienie i różnorodność kodowanych fenotypów. Post. Mikrobiol. 44:3-16
Sołyga, A., and D. Bartosik. 2004. How to capture a functional transposable element. Pol. J. Microbiol. 53:139-144,
Bartosik, D. 2001. Stabilne dziedziczenie plazmidów bakteryjnych. Postępy Biochemii 47:138-145
Baj, J. 2000. Taxonomy of genus Paracoccus. Acta Microbiol. Pol. 49:185-200

Doniesienia zjazdowe

Czarnecki J., Dziewit, L., Ochnio, M., Kowalski, L. and D. Bartosik. Structure and maintenance of plasmid pKON1 (95 kb) of Paracoccus kondratievae NCIMB 131773 (Alphaproteobacteria). International Plasmid Biology Conference. 2012. Santander, Hiszpania.
Dziewit, L., Wibberg, D., Czarnecki, J. Tudek, A., Schlüter, A., Pühler, A. and D. Bartosik. Insights into the plasmidome of Paracoccus aminophilus JCM 7686 and Paracoccus aminovorans JCM 7685 – methylotrophic strains degrading toxic compounds. International Plasmid Biology Conference. 2012. Santander, Hiszpania.
Lasek, R., Dziewit, L., Cegielski, A., Niesiobedzki, P., Uhrynowski, W. and D. Bartosik. Plasmids of Arctic strains of Psychrobacter spp. – adaptive value, diversity and evolution. International Plasmid Biology Conference. 2012. Santander, Hiszpania.
Pyzik, A., Dziewit, L., Szuplewska, M., Matlakowska, R., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A., and D. Bartosik. Characterization of a pool of plasmids of bacteria isolated from the Lubin copper mine and the flotation wastes depository Zelazny Most (Poland). International Plasmid Biology Conference. 2012. Santander, Hiszpania.
Wawrzyniak, P., Zaleski, P., Płucienniczak, G., Bartosik, D. and A. Płucienniczak. pIGRK and pIGMS31 RCR (rolling circle replication) plasmids: DNA sequence analysis results and autoregulatory properties of replication proteins – unusual features. International Plasmid Biology Conference. 2012. Santander, Hiszpania.
Szych A., K. Romaniuk i Ł. Dziewit. Analiza genomiczna mobilomu bakterii metylotroficznej Paracoccus aminophilus JCM 7686. I Studencka Konferencja Biologii Molekularnej. 2012. Łódź, Polska.
Romaniuk K., A. Szych, A. Cegielski, W. Uhrynowski i Ł. Dziewit. Różnorodność filogenetyczna i fenotypowa arktycznych szczepów bakterii z rodzaju Psychrobacter. I Studencka Konferencja Biologii Molekularnej. 2012. Łódź, Polska.
Lasek R., A. Cegielski, Ł. Dziewit i D. Bartosik. Genomika porównawcza puli plazmidów występujących w arktycznych szczepach Psychrobacter spp. II Kopernikańskie Sympozjum Studentów Nauk Przyrodniczych. 2012. Toruń, Polska.
Lasek, R., Ł. Dziewit and D. Bartosik. Genomic analysis of plasmid pP62BP1 isolated from strain Psychrobacter sp. DAB_AL62B. III International Student Conference of Biotechnology. 2011. Kraków, Polska.
Czarnecki, J. i D. Bartosik. Zastosowanie mutagenezy transpozonowej do identyfikacji genów zaangażowanych w syntezę karotenoidów w bakterii Brevundimonas sp. LM18 – II Konferencja „Mikrobiologia w medycynie, przemyśle i ochronie środowiska”. 2011. Łódź, Polska.
Lasek R., Ł. Dziewit i D. Bartosik. Analiza genomiczna plazmidu p62BP1 szczepu Psychrobacter sp. 62B. Mikrobiologia w medycynie, przemyśle i ochronie środowiska. 2011. Łódź, Polska.
Adamczuk M., Ł. Dziewit i D. Bartosik. Kasety DIY – podstawa do konstrukcji nowych narzędzi genetycznych dla Alphaproteobacteria. Mikrobiologia w medycynie, przemyśle i ochronie środowiska. 2011. Łódź, Polska
Dziewit, L., Cegielski, A., Lasek, R. and D. Bartosik. Structural and functional analysis of mobile genetic elements isolated from Arctic strains of Psychrobacter spp. 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011. Genewa, Szwajcaria.
Dziewit, L., Baj, J., Szuplewska, M., Maj, A. and D. Bartosik. Transposable elements of bacteria of genus Paracoccus (Alphaproteobacteria). 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011. Genewa, Szwajcaria.
Maj, A., Czarnecki, J., Gieczewska, K., Garstka, M. and D. Bartosik. Identification and characterization of a pool of genes involved in carotenoid biosynthesis in two strains of Alphaproteobacteria. 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011. Genewa, Szwajcaria.
Szuplewska, M., Dziewit, L., Maj, A., Wanasz, K., Adamczuk, M., Pyzik, A., Nieckarz, M., Niesiobędzki, P. and D. Bartosik. Adaptive impact of mobile genetic elements of bacteria isolated from an endemic environment of the copper mine. 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011. Genewa, Szwajcaria.
Szuplewska, M., Maj, A., Warsinska, M. and D. Bartosik. Transposition of Pseudomonas miniature non-autonomous transposable element (PIME). 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011. Genewa, Szwajcaria.
Szuplewska, M. and D. Bartosik. The role of transposable elements in evolution of bacterial plasmids. 17th European Meeting of PhD Students in Evolutionary Biology (EMPSEB17). 10.08–15.08.2011. Seia. Portugalia.
Dziewit L., Baj J., Szuplewska M., Maj A. and D. Bartosik. Defining the transposable part of the mobilome of bacteria of genus Paracoccus. International Plasmid Biology Conference 2010. Bariloche, Argentyna
Dziewit D., Adamczuk M., Szuplewska M. and D. Bartosik. DIY cassettes for construction of vectors specific for Alphaproteobacteria. International Plasmid Biology Conference 2010. Bariloche, Argentyna
Szuplewska M., Dziewit L., Maj A., Brzuskiewicz E., Daniel R. and D. Bartosik. Genomic analysis of a pool of plasmids residing in several bacterial strains isolated from endemic environment of copper mine. International Plasmid Biology Conference 2010. Bariloche, Argentyna
Maj A., Dziewit L., Grynberg M., Muszewska A., Szuplewska M., Lorenc A. and D Bartosik. Identification of a novel family of plasmid-encoded toxin-antitoxin systems. International Plasmid Biology Conference 2010. Bariloche, Argentyna
Szuplewska M., Maj A., Smorawinska M., Zaleski P., Plucienniczak A. and D. Bartosik. Mobilizable narrow host range plasmids as natural suicide vectors enabling horizontal gene transfer among distantly related bacterial species. International Plasmid Biology Conference 2010. Bariloche, Argentyna
Dziewit L., J. Baj, A. Klicka, and D. Bartosik. Microbial degradation of toxic N,N-dimethylformamide. 11th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms. 28 June-1 July 2010, Melbourne, Australia
Klicka A., L. Dziewit, and D. Bartosik. Natural plasmids of three astaxanthin-producing bacterial strains - genomic analysis and construction of shuttle vectors. 11th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms. 28 June-1 July 2010, Melbourne, Australia
Dziewit L., Adamczuk M., Szuplewska M. i D. Bartosik. Konstrukcja kaset DIY pomocnych w tworzeniu nowych narzędzi genetycznych dla Alphaproteobacteria. III Polski Kongres Genetyki. Lublin. 2010
Dziewit L., Baj J., Szuplewska M., Klicka A. i D. Bartosik. Identyfikacja funkcjonalnych elementów transpozycyjnych w bakteriach z rodzaju Paracoccus. III Polski Kongres Genetyki. Lublin. 2010
Szuplewska M. i D. Bartosik. Określenie mechanizmu odpowiadającego za generowanie modułów transpozycyjnych (TMo). Konferencja pt. Mikrobiologia w medycynie, przemyśle i ochronie środowiska, organizowana przez Uniwersytet Łódzki, Łódź 2009
Szuplewska M., M. Warsińska, A. Klicka, D. Bartosik. Identification of a novel non-autonomous transposable element in Pseudomonas sp. UW12 and search for the transposase responsible for its mobility. 4th European Conference on Prokaryotic Genomics. ProkaGENOMICS 2009. Październik 2009. Getynga, Niemcy
Klicka A., L. Dziewit, D. Bartosik. Genomic analysis of a pool of plasmids isolated from several carotenoid-producing strains of Paracoccus spp. 4th European Conference on Prokaryotic Genomics. ProkaGENOMICS 2009. Październik 2009. Getynga, Niemcy
Szuplewska M., M. Warsińska, D. Bartosik. Analyses of the role of the particular parts of novel insertion element of Pseudomonas spp. in transposition. 3rd Ukrainian-Polish Weigl Conference. Październik 2009. Odessa. Ukraina
Klicka A., A. Borek, J. Czarnecki, M. Włodarczyk, D. Bartosik. Genomic analyzes of several plasmids harbored by the carotenoids producing strains of Paracoccus spp. 3rd Ukrainian-Polish Weigl Conference. Październik 2009. Odessa. Ukraina
Bartosik, D., L. Dziewit, M. Szuplewska, and J. Baj. Transposable modules (Tmos)- natural genetic systems for gene capture, expression and spread. Plasmid Biology 2008. Gdansk 2008
Bartosik, D., A. Klicka, Ł. Dziewit, and M. Włodarczyk. Genomic analyzes of four plasmids of a carotenoid producer Paracoccus marcusii suggest a possible role of plasmid-encoded resolvases in acquisition of chromosomal genes. Plasmid Biology 2008. Gdańsk 2008
Dziewit, L., and D. Bartosik. Genomic analyzes of three plasmids harbored by Paracoccus aminophilus JCM7686 - bacterium degrading toxic dimethylformamide. Plasmid Biology 2008. Gdansk 2008
Giersz, D., D. Bartosik, E. Piechucka, and M. Włodarczyk. Molecular characterization of plasmid pMAR4 of Paracoccus marcusii DSM 11574. The 2nd International Weigl Conference - Microbiology in the XXI century. Warszawa, 2007
Bartosik, D., L. Dziewit, G. Rudzicz, D. Giersz, E. Piechucka, and M. Włodarczyk.Genomic analyses of plasmids harbored by a carotenoid producer - Paracoccus marcusii DSM 11574. 3rd European Conference on Prokaryotic Genomics. ProkaGENOMICS 2007. Październik 2007. Getynga, Niemcy
Dziewit, L, J. Baj, and D. Bartosik. Genomics of plasmids pAMI2 and pAMI3 of methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686. 3rd European Conference on Prokaryotic Genomics. ProkaGENOMICS 2007. Październik 2007. Getynga, Niemcy
Bartosik, D., M. Putyrski, E. Jagiello, L. Dziewit, and J. Baj. Transposable modules generated by ISPme1 and their influence on structure of Paracoccus methylutens DM12 plasmid pMTH1. 3rd European Conference on Prokaryotic Genomics. ProkaGENOMICS 2007. Październik 2007. Getynga, Niemcy
Dziewit, L., J. Baj, and D. Bartosik. Molecular and functional analyzes of a phenotypic module of plasmid pAMI2 coding for N,N-dimethylformamidase. Plasmid Biology 2008. Gdansk 2008
Warsińska, M., A. Klicka, R. Matlakowska, M. Tabin, and D. Bartosik. Identification of a transposable element of Pseudomons sp. encoding unusually long terminal inverted repeats and a putative resolvase. Plasmid Biology 2008. Gdansk 2008
Dziewit, L., J. Baj, and D. Bartosik. Biodegradation of toxic pollutant - N,N-dimethylformamide. Meeting of Society for General Microbiology of UK. Industrial bioremediation: from contamination to clean-up. Dublin, 2008, Irlandia
Bartosik, D., L. Dziewit, M. Szuplewska, and J. Baj. Mobilization of genomic DNA by a single copy of an insertion sequence of the IS1380 family. Międzynarodowa Konferencja Komitetu Mikrobiologii PAN. Vaccines: plant biotechnology, cancer and infectious diseases therapy. Warszawa, 2008
Szuplewska, M. M. Putyrski, L. Dziewit, and D. Bartosik. How to make chromosomal genes mobile. 10th International EMBL PhD Student Symposium. Decision making in biology - Nature at the crossroads. Październik 23-25, 2008, Heidelberg, Niemcy
Dziewit, Ł., M. Tabin, J. Baj, and D. Bartosik. Mobile genetic elements of methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686. The 2nd International Weigl Conference - Microbiology in the XXI century. Warszawa, 2007
Dziewit, L., Jazurek, M., Drewniak, L., Baj, J., and Bartosik, D. Identification of a novel family of addiction systems. Plasmid Biology 2006. Fallen Leaf Lake, South Lake Tahoe, CA USA, 2006
Dziewit, L., Drewniak, L., Baj, J., and Bartosik, D. Identification of functional modules of plasmid pAMI2 of Paracoccus aminophilus. Plasmid Biology 2006. Fallen Leaf Lake, South Lake Tahoe, CA USA, 2006
Rudzicz, G., Piechucka, E., Dziewit, L,. Bartosik, D., and Wlodarczyk, M. Mobile genetic elements in carotenoids producer - Paracoccus marcusii DSM 11574. Plasmid Biology 2006. Fallen Leaf Lake, South Lake Tahoe, CA USA, 2006
Rudzicz, G., Szymanik, M., Sochacka-Pietal, M., Jagiełło E., Bartosik, D., and M. Włodarczyk. Nowe ruchome elementy genetyczne bakterii z rodzaju Paracoccus. II Konferencja Naukowa Komitetu Mikrobiologii PAN "Interakcje bakterii z organizmami wyższymi". Lublin, 3.VI.2006
Drewniak, Ł., M. Dmowski, M. Włodarczyk, J. Baj, D. Bartosik. Identyfikacja modułów plazmidu pAMI2 Paracoccus aminophilus i ich wykorzystanie do konstrukcji wektorów specyficznych dla Alphaproteobacteria. 1 Konferencja Naukowa Komitetu Mikrobiologii PAN: "W.J.H. Kunicki-Goldfinger Mikrobiolog-Filozof-Mistrz". Warszawa, 22.X.2005
Dziewit, Ł., M. Putyrski, J. Baj, D. Bartosik. Identyfikacja i analiza funkcjonalna wybranych przedstawicieli nowej rodziny systemów addykcyjnych. 1 Konferencja Naukowa Komitetu Mikrobiologii PAN: "W.J.H. Kunicki-Goldfinger Mikrobiolog-Filozof-Mistrz". Warszawa, 22.X.2005
Bartosik, D., M. Szymanik, and J. Baj. How transposition may influence the structure of plasmid genomes. Plasmid Biology 2004. Corfu, Grecja, 2004
Bartosik, D., M. Mikosa, and M. Sochacka. Identification of a mobile genomic island of Paracoccus pantotrophus by its transposition to entrapment vector pMMB2. Plasmid Biology 2004. Corfu, Grecja, 2004
Szymanik, M., and M. Włodarczyk. Regulation of gene expression of a novel addiction system identified within plasmid pMTH4 harbored by Paracoccus methylutens DM12. Plasmid Biology 2004. Corfu, Grecja, 2004
Bartosik, D., and M. Szymanik. Identification of novel transposable modules and their influence on structure of plasmid pMTH4 of Paracoccus methylutens DM12. Gordon Research Conference on Plasmid and Chromosome Dynamics. Tilton, USA, 2003
Szymanik, M., D. Bartosik, and M. Włodarczyk. Structural and functional characterization of a novel addiction system of plasmid pMTH4 of Paracoccus methylutens DM12. Gordon Research Conference on Plasmid and Chromosome Dynamics. Tilton, USA, 2003
Szymanik, M., D. Bartosik, and M. Włodarczyk. Characterization of a novel addiction system of pMTH4 plasmid identified in Paracoccus methylutens (Alphaproteobacteria). First FEMS Congress of European Microbiologists. Lublana, Słowenia, 2003
Bartosik, D., J. Baj, E. Piechucka, E. Zbiciak, and M. Włodarczyk. Comparative characterization of repABC type replicons of Paracoccus pantotrophus composite plasmids. Plasmid Biology 2002. Pittsburgh, USA, 2002
Bartosik, D., M. Sochacka, M. Szymanik, J. Lukasik, J. Baj, and M. Włodarczyk. Identification and analysis of transposable genetic elements Paracoccus spp.. Plasmid Biology 2002. Pittsburgh, USA, 2002
Bartosik D., J. Baj J., M. Szymanik, E. Piechucka, i M. Włodarczyk. Replikony RepABC w plazmidach bakterii z rodzaju Paracoccus. XIV Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetycznego. Poznań, 2001
Bartosik, D., J. Baj, and P. Dolowy. Maintenance of megaplasmid/minichromosome pTAV3 of Paracoccus versutus. EU concerted action on Mobile Elements' Contribution to Bacterial Adaptibility and Diversity (MECBAD). Berlin, Niemcy, 2001
Szymanik, M,. D. Bartosik, and M. Włodarczyk. Characterization and sequence analysis of a mini-replicon derived from the novel plasmid pMTH1 from Paracoccus methylutens. EU concerted action on Mobile Elements' Contribution to Bacterial Adaptibility and Diversity (MECBAD). Berlin. Niemcy, 2001
Bartosik D., J. Baj, M. Szymanik, E. Piechucka i M. Włodarczyk. Replikony RepABC w plazmidach bakterii z rodzaju Paracoccus. XIV Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetycznego. Poznań, 2001
Bartosik, D., J. Baj, and P. Dolowy. Maintenance of megaplasmid/minichromosome pTAV3 of Paracoccus versutus. EU concerted action on Mobile Elements' Contribution to Bacterial Adaptibility and Diversity (MECBAD). Berlin, Niemcy, 2001
Szymanik, M,. D. Bartosik, and M. Włodarczyk. Characterization and sequence analysis of a mini-replicon derived from the novel plasmid pMTH1 from Paracoccus methylutens. EU concerted action on Mobile Elements' Contribution to Bacterial Adaptibility and Diversity (MECBAD). Berlin, Niemcy, 2001
Bartosik, D., J. Baj, and M. Włodarczyk. The small plasmid pKSW1 of Paracoccus pantotrophus shows sequence similarities to plasmids of gram-positive bacteria. EU concerted action on Mobile Elements' Contribution to Bacterial Adaptibility and Diversity (MECBAD). Praga, Czechy, 2000
Bartosik, D., M. Szymanik, and E. Wysocka. Identification of the centromere-like sequence within pTAV320, the repABC-type replicon of Paracoccus versutus. Plasmid Biology 2000. Praga, Czechy, 2000
Bartosik, D., J. Baj, A. Balcerzyk, and M. Wlodarczyk. Sequence and genetic organisation of replicator region of pTAV3 megaplasmid (500 kb) of the soil bacterium Paracoccus versutus. Plasmid Biology 2000. Praga, Czechy, 2000
Włodarczyk, M., D. Bartosik, J. Baj, and E. Piechucka. Diversity of Paracoccus plasmids. Plasmid Biology 2000. Praga, Czechy, 2000

Wykłady plenarne

Dziewit Ł. Mobilome of psychrotolerant bacteria from the polar regions. V Polski Kongres Genetyki. Wrzesień 2016. Łódź.
Szuplewska M. Charakterystyka mobilomu bakterii z rodzaju Pseudomonas zasiedlających endemiczne środowisko kopalni miedzi. XXVIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Wrzesień 2016. Bydgoszcz.
Bartosik D. Mobilom bakterii z rodzaju Paracoccus. Alphaproteobacteria. XXVII Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Wrzesień 2012. Lublin.
Bartosik D. Ruchome elementy genetyczne integrujące z DNA - rola w rozpowszechnianiu genów opornościowych. III Polski Kongres Genetyki. Wrzesień 2010. Lublin.
Bartosik D. Ruchome elementy genetyczne - rola w kształtowaniu genomów bakteryjnych. Sympozjum Naukowe z okazji Jubileuszu 80-lecia Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów "Świat człowieka światem drobnoustrojów". Wrzesień. 2007. UJ Kraków.
Bartosik D. Mobile genetic elements. 160th Meeting of Society for General Microbiology of UK. Marzec 2007; Manchester, UK.
Bartosik D. Moduły transpozycyjne Paracoccus methylutens DM12. II Polski Kongres Genetyki. Wrzesień. 2007. Warszawa.

Granty

Mechanizmy regulacyjne dwóch pokrewnych systemów restrykcji-modyfikacji plazmidu pP62BP1 pochodzącego z arktycznego szczepu Psychrobacter sp. Grant NCN - Preludium (2015/17/N/NZ1/00227) realizowany w latach 2016-2019, kierownik projektu mgr R. Lasek.
Analiza funkcjonalna modułów genetycznych plazmidu pP32BP2 z psychrofilnego szczepu Psychrobacter sp. DAB_AL32B – określenie roli plazmidu w tworzeniu biofilmu, osmoprotekcji, krioprotekcji oraz w metabolizmie betainy, choliny i karnityny”. Grant MNiSW - Diamentowy Grant (DI2013 012543) realizowany w latach 2014-2017, kierownik projektu mgr A. Ciok.
Opracowanie biotechnologii przyspieszonej utylizacji surowych osadów ściekowych oraz konstrukcja mobilnej komory fermentacyjnej”. Projekt 266405 – GEKON (Generator Koncepcji Ekologicznych; NCBiR/NFOŚiGW) realizowany w latach 2015-2017 przez konsorcjum składające się z następujących jednostek: firma RDLS Sp. z o.o., Uniwersytet Warszawski, firma Ecokube Sp. z o.o. Kierownik zespołu z Uniwersytetu Warszawskiego - dr hab. Ł. Dziewit. Koordynator projektu: dr Ł. Drewniak (RDLS Sp. z o.o.).
Identyfikacja i charakterystyka fagów bakterii z klasy Alphaproteobacteria”. Grant MNiSW - Iuventus Plus (IP2014 009073) realizowany w latach 2015-2017; kierownik projektu dr Ł. Dziewit.
Różnorodność ruchomych elementów genetycznych i ich rola w biologii, adaptacji oraz ewolucji antarktycznych szczepów bakterii psychrofilnych”. Grant NCN - Sonata (2013/09/D/NZ8/03046) realizowany w latach 2014-2017; kierownik projektu dr Ł. Dziewit
Analiza struktury i funkcji chromidów występujących w bakteriach z rodzaju Paracoccus (Alphaproteobacteria). Grant NCN - Opus (2013/09/B/NZ1/00133), realizowany w latach 2014-2017; kierownik projektu: prof. dr hab. D. Bartosik
Różnorodność ruchomych elementów genetycznych i ich rola w biologii, adaptacji oraz ewolucji antarktycznych szczepów bakterii psychrofilnych. Grant NCN - Sonata (2013/09/D/NZ8/03046), realizowany w latach 2014-2017; kierownik projektu: dr Ł. Dziewit.
Plazmidy warunkujące horyzontalny transfer genów oporności na antybiotyki w środowisku - egzogenna izolacja, charakterystyka i analiza dynamiki transferu. Grant NCN - Preludium (2012/05/N/NZ9/01262), realizowany w latach 2013-2016; kierownik projektu: mgr M. Adamczuk
Optymalizacja pracy dwustopniowego reaktora do wytwarzania wysokometanowego biogazu - opracowanie biostarterów i biomarkerów fermentacji metanowej. Grant NCBiR, realizowany w latach 2012-2015; kierownik projektu: dr Ł. Drewniak (projekt realizowany we współpracy z Samodzielną Pracownią Analizy Skażeń UW, Instytutem Biochemii i Biofizyki PAN, Instytutem Chemii i Techniki Jądrowej).
Porównawcza genomika strukturalna i funkcjonalna Paracoccus aminovorans JCM 7685 i Paracoccus aminophilus JCM 7686 – metylotroficznych bakterii zdolnych do rozkładu związków toksycznych. Grant MNiSW (IP2011 011471) realizowany w latach 2011-2014; kierownik projektu: dr Ł. Dziewit.
Identyfikacja, analiza i wykorzystanie modułów genetycznych warunkujących rozkład związków toksycznych do konstrukcji szczepów bakteryjnych użytecznych w procesach bioremediacji. Grant MNiSW (IP2010 008670) realizowany w 2011 roku; kierownik projektu: dr. Ł. Dziewit.
Biologia i ewolucja arktycznych szczepów bakterii z rodzaju Psychrobacter w świetle analiz genomicznych. Grant MNiSW (N N303 816340) realizowany w latach 2011-2014; kierownik projektu: dr. Ł. Dziewit.
Metagenomiczna, strukturalna i funkcjonalna charakterystyka mikrobiocenoz środowisk lodowcowych. Grant MNiSW (N N304 106940) realizowany w latach 2011-2014; kierownik projektu: dr hab.: M. Zdanowski (projekt realizowany we współpracy z Zakładem Antarktyki PAN).
Geny oporności na antybiotyki występujące w bakteriach izolowanych ze środowisk naturalnych oraz ścieków i stawów hodowlanych - identyfikacja, rozpowszechnienie oraz zdefiniowanie nośników genetycznych warunkujących ich horyzontalny transfer. Grant (DPN/N58/COST/2010) w ramach akcji "Detecting evolutionary hot spot sof antibiotic resistance in Europe (DARE)" - European Co-operation in the field of Scientific and Technical (COST) Research Action TD0803; realizowany w latach 2010-2013; kierownik projektu: dr M. Popowska (Zakład Mikrobiologii Stosowanej). Realizacja wydzielonych zadań w ZGB pod kierunkiem dr hab. D. Bartosika.
Identyfikacja i analiza puli ruchomych elementów genetycznych oraz określenie ich roli w adaptacji bakterii do warunków endemicznego środowiska kopalnianego. Grant MNiSW (N N303 579238) realizowany w latach 2010-2013; kierownik projektu: dr hab. D. Bartosik
Charakterystyka molekularna i funkcjonalna genów szlaku biosyntezy astaksantyny (barwnika beta-karotenowego) z bakterii Paracoccus marcusii OS22. Grant MNiSW (N N302 224638) realizowany w latach 2010-2012; kierownik projektu: dr J. Baj.
Ruchome elementy genetyczne bakterii - analiza molekularna i wykorzystanie do konstrukcji nowych narzędzi dla przemysłu biotechnologicznego. Grant zamawiany (PBZ-MNiSW-04/I/2007) realizowany w latach 2007-2010; dr hab. D. Bartosik - koordynator jednego z 5 wydzielonych tematów pt.: "Charakterystyka genomiczna elementów ruchomej puli genów w wybranych kolekcjach bakterii" oraz kierownik zespołu badawczego wchodzącego w skład konsorcjum realizującego cztery zadania badawcze w ramach niniejszego projektu: (1) Analiza genomiczna plazmidów Paracoccus spp.; (2) Identyfikacja i analiza elementów transpozycyjnych Paracoccus spp.; (3) Analiza molekularna i funkcjonalna systemów mobilizacyjnych plazmidów pIGMS31 i pIGRK z Klebsiella pneumoniae - temat realizowany we współpracy z prof. A. Płucienniczakiem (Instytut Biochemii i Antybiotyków); (4) Analiza potencjalnych systemów PSK obecnych w genomach plazmidów z rodzaju Paracoccus
Identyfikacja i analiza funkcjonalnych modułów genetycznych występujących w plazmidach bakterii metylotroficznej Paracoccus aminophilus. Grant MNiSW (promotorski) (N N301 3957 33); realizowany w latach 2007-2009; kierownik projektu dr hab. Dariusz Bartosik
Molekularna charakterystyka przedstawicieli nowej rodziny bakteryjnych systemów addykcyjnych. Grant MNiSW (2 P04A 073 29); realizowany w latach 2006-2008, kierownik projektu dr Jadwiga Baj
Identyfikacja puli ruchomej informacji genetycznej Paracoccus marcusii, bakterii produkującej barwniki karotenoidowe. Grant MNiSW (2 P04A 028 29); realizowany w latach 2004-2007, kierownik projektu prof. dr hab. M. Włodarczyk
Molekularna charakterystyka modułów transpozycyjnych nowego typu oraz badanie ich wpływu na strukturę i ewolucję genomów naturalnych plazmidów bakteryjnych. Grant KBN/MNiI (2 PO4A 019 26); kierownik projektu: dr Dariusz Bartosik
Addykcyjny system plazmidu pMTH4 Paracoccus methylutens; analiza struktury i funkcji. Grant KBN/MniI (promotorski) (3P04A 045 25); realizowany w latach 2003-2005; kierownik projektu: prof. dr hab. M. Włodarczyk
Sekwencje insercyjne (IS) bakterii z rodzaju Paracoccus jako czynnik określający częstość i kierunek transferu horyzontalnego w grupie bakterii glebowych. Grant KBN/MNiI (6 PO4A 04821); realizowany w latach 2001-2003; kierownik projektu: dr Dariusz Bartosik
Identyfikacja i klasyfikacja plazmidów w rodzaju Paracoccus metodą typowania replikonowego oraz analiza stopnia różnorodności (diversity) replikonów typu repABC. Grant KBN/MNiI (6 PO4A 00716); realizowany w latach 1998-2001; kierownik projektu: prof. dr hab. M. Włodarczyk
Mobile elements' contribution to bacterial adaptibility and diversity (MECBAD). Grant Unii Europejskiej (EU concerted action: EU BIOTECH 970099) w 4. ramowym programie EU; udział w latach 1999-2001; kierownik grupy: prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

Prace magisterskie

2016

Aleksandra Brozio, Analiza replikonów pozachromosomowych bakterii Paracoccus alcaliphilus JCM 7364 i Paracoccus kondratievae NCIBM 13773, prof. dr hab. D. Bartosik
Karol Budzik, Charakterystyka strukturalna i funkcjonalna plazmidów zidentyfikowanych w psychrofilnych szczepach Polaromonas, dr hab. Ł. Dziewit
Oliwia Buraczewska, Analiza funkcjonalna systemów replikacyjnych plazmidów bakterii psychrofilnych z rodzaju Pseudomanas, dr hab. Ł. Dziewit
Cora Chmielowska, Identyfikacja i charakterystyka elementów transpozycyjnych wystepujących w genomach bakterii z rodzaju Paracoccus (Alphaproteobacteria), dr M. Szuplewska
Przemysław Decewicz, Analizy systemów replikacyjnych plazmidów opornościowych - wykorzystanie typowania replikonowego PCR plazmidów bakteryjnych do monitoringu zagrożenia epidomiologicznego odpadów komunalno-przemysłowych oraz konstrukcja nowych wektorów plazmidowych, dr hab. Ł. Dziewit
Karolina Kotecka, Charakterystyka replikonów szczepów bakterii Paracoccus solventivorans DSM 11592 i Paracoccus thiocyanatus JCM 20756, dr M. Szuplewska
Maria Puzyna, Analiza funkcjonalna genów związanych z metylotrofią bakterii Paracoccus aminovorans JCM 7685, prof. dr hab. D. Bartosik

2015

Monika Mitura, Charakterystyka plazmidów oportunistycznych patogenów Paracoccus yeei CCUG 17731, CCUG 13493 i CCUG 32053, dr M. Szuplewska
Olga Niezgoda, Identyfikacja genów Pseudomonas putida istotnych dla odpowiedzi bakterii na stres genotoksyczny, prof. dr hab. D. Bartosik
Ewelina Zieleniewska, Konstrukcja i charakterystyka mutanta hfq Paracoccus aminophilus JCM 7686, prof. dr hab. D. Bartosik
Anna Ciok, Analiza funkcjonalna potencjalnych integronów pochodzących ze szczepów Pseudomonas sp. LM7 i LM13, dr hab. Ł. Dziewit
Agata Gościk, Charakterystyka białek inicjujących replikację plazmidów pIGMS31 i pIGRK Klebsiella pneumoniae, prof. dr hab. D. Bartosik
Łukasz Kowalski, Identyfikacja i analiza komponentów regulonu SOS bakterii z rodzaju Paracoccus, prof. dr hab. D. Bartosik
Olga Krysiak, Analiza genomiczna Paracoccus haeundaensis LMG P-21903 – bakterii wytwarzającej barwniki karotenoidowe, prof. dr hab. D. Bartosik
Paulina Leśniewska, Analiza systemów replikacyjnych pIGRK i pIGMS31 - przedstawicieli nowej rodziny plazmidów typu RCR, prof. dr hab. D. Bartosik

2014

Zuzanna Czarkowska, Konstrukcja wektorów plazmidowych specyficznych dla bakterii z rodzaju Psychrobacter, dr Ł. Dziewit
Aneta Lis, Analiza funkcjonalna wybranych dużych, pozachromosomowych replikonów bakterii z rodzaju Paracoccus, prof dr hab. D. Bartosik
Krzysztof Romaniuk, Projektowanie biomarkerów molekularnych procesu metanogenezy, dr Ł. Dziewit
Witold Uhrynowski, Izolacja i charakterystyka bakterii psychrotolerancyjnych z próbek gleby z Antarktyki oraz analiza genomiczna ich plazmidów, dr Ł. Dziewit
Aleksandra Warner, Charakterystyka loci repABC i CRISPR plazmidu pHOM4 Paracoccus homiensis DSM 17862, prof dr hab. D. Bartosik

2013

Paweł Niesiobędzki, Analiza genomiczna plazmidów bakterii psychrofilnych Pseudomonas sp. GLE121 i Polaromonas sp. HW20, dr Ł. Dziewit
Robert Lasek, Analiza struktury genetycznej i funkcji chromosomu arktycznego szczepu Psychrobacter sp. DAB_AL43B, prof. dr hab. D. Bartosik
Łukasz Stypiński, Analiza systemu replikacyjnego plazmidu pIGMS31 – archetypu nowej rodziny replikonów typu RCR, prof. dr hab. D. Bartosik
Michał Szymczak, Analiza funkcji pozachromosomowych replikonów bakterii Paracoccus aminophilus JCM 7686, prof. dr hab. D. Bartosik

2012

Ewa Furmańczyk, Analiza genów zaangażowanych w biosyntezę barwników karotenoidowych w wybranych szczepach Alphaproteobacteria, dr hab. D. Bartosik
Katarzyna Wanasz, Identyfikacja i charakterystyka nieautonomicznych elementów transpozycyjnych w genomach szczepów Pseudomonas spp. wyizolowanych z kopalni miedzi w Lubinie, dr hab. D. Bartosik
Adam Pyzik, Analiza strukturalna i funkcjonalna ruchomych elementów genetycznych bakterii wyizolowanych z kopalni miedzi Lubin, dr Ł. Dziewit

2011

Marcin Adamczuk, Konstrukcja kaset genetycznych DIY użytecznych w tworzeniu wektorów wahadłowych dla Alphaproteobacteria, dr. Ł. Dziewit
Adria Cegielski, Analiza puli plazmidów występujących w arktycznych szczepach bakterii z rodzaju Psychrobacter, dr hab. D. Bartosik
Jakub Czarnecki, Zastosowanie mutagenezy transpozonowej do identyfikacji genów bakterii Brevundimonas sp. LM18 zaangażowanych w syntezę karotenoidów, dr hab. D. Bartosik
Jarosław Pankowski, Molekularna analiza plazmidu pHOM3 (122 kb) z Paracoccus homiensis DSM 17862, warunkującego tworzenie biofilmu, dr hab. D. Bartosik

2010

Katarzyna Jankowska, Identyfikacja i charakterystyka systemów restrykcji-modyfikacji kodowanych w plazmidzie pAMI7 Paracoccus aminophilus JCM 7686, dr hab. D. Bartosik
Tomasz Sitarek, Analiza przyczyn spontanicznego powstawania mutantów insercyjnych plazmidów wprowadzanych do Paracoccus pantotrophus DSM 11072, dr hab. D. Bartosik
Agnieszka Tudek, Charakterystyka wybranych plazmidów występujących w bakteriach metylotroficznych Paracoccus aminophilus JCM 7686 i Paracoccus aminovorans JCM 7685, dr hab. D. Bartosik

2009

Kamila Bartnicka, Molekularna analiza epidemiologiczna szczepów Mycobacterium tuberculosis wyizolowanych od chorych na gruźlicę z województwa śląskiego, prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Agnieszka Borek, Identyfikacja i charakterystyka funkcjonalna systemu addykcyjnego z plazmidu pAES6 Paracoccus aestuarii DSM 19484, dr hab. Dariusz Bartosik
Anna Mazek, Poszukiwanie sekwencji insercyjnych przydatnych do mutagenezy transpozonowej bakterii z klasy Alphaproteobacteria, dr hab. Dariusz Bartosik
Magdalena Ochnio, Molekularna charakterystyka plazmidu pKON1 (80 kpz) Paracoccus kondratievae NCIMB 13773, dr hab. Dariusz Bartosik

2008

Magdalena Szuplewska, Identyfikacja i charakterystyka elementu transpozycyjnego o mozaikowej strukturze w Paracoccus marcusii OS22., dr hab. Dariusz Bartosik
Mateusz Tabin, Identyfikacja i molekularna charakterystyka elementów transpozycyjnych w wybranych szczepach Paracoccus spp., dr hab. Dariusz Bartosik
Marta Warsińska, Analiza elementów transpozycyjnych w szczepie Pseudomonas sp. UW12 wyizolowanym z endemicznego środowiska kopalni miedzi., dr hab. Dariusz Bartosik

2007

Mateusz Putyrski, Strukturalna i funkcjonalna analiza modułów transpozycyjnych Paracoccus methylutens DM12., dr hab. Dariusz Bartosik
Dorota Giersz, Molekularna charakterystyka plazmidu pMAR4 z Paracoccus marcusii DSM 11574., dr hab. Dariusz Bartosik
Magdalena Jazurek, Badanie regulacji ekspresji genów systemów kodujących toksynę i antytoksynę typu tad-ata., dr hab. Dariusz Bartosik
Ewa Jagiełło, Molekularna charakterystyka wybranych elementów transpozycyjnych Paracoccus spp., dr hab. Dariusz Bartosik
Dorota Giersz, Molekularna charakterystyka plazmidu pMAR4 z Paracoccus marcusii DSM 11574, dr hab. Dariusz Bartosik
Rafał Kopacz, Molekularna identyfikacja szczepów Mycobacterium avium, izolowanych od chorych, przy użyciu analizy restrykcyjnej sekwencji hsp65., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

2006

Grażyna Rudzicz, Identyfikacja i charakterystyka mobilnych elementów genetycznych Paracoccus marcusii DSM 11574., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Edyta Basek, Molekularna analiza puli modułów transpozycyjnych Paracoccus methylutens DM12., dr hab. Dariusz Bartosik
Marcin Wąsowicz, PCR multiplex jako test molekularny do identyfikacji Mycobacterium bovis BCG i jego wykorzystanie w diagnostyce niepożądanych odczynów poszczepiennych., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

2005

Magdalena Ochocka, Replikacja plazmidu RA3 z grupy IncU., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Magdalena Możejko, Badanie interakcji regulatora transkrypcyjnego CysB z polimerazą RNA u Escherichia coli., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Łukasz Dziewit, Identyfikacja i charakterystyka funkcjonalna systemu stabilizującego tad-aad z plazmidu pAMI2 Paracoccus aminophilus., dr hab. Dariusz Bartosik
Łukasz Drewniak, Identyfikacja funkcjonalnych modułów plazmidu pAMI2 Paracoccus aminophilus i ich wykorzystanie do konstrukcji wektorów specyficznych dla Alphaproteobacteria., dr hab. Dariusz Bartosik

2004

Małgorzata Mikosa, Identyfikacja i molekularna charakterystyka mobilnej wyspy genomowej Paracoccus pantotrophus DSM 11072., dr hab. Dariusz Bartosik
Aleksandra Sołyga, Klonowanie i analiza modułu transpozycyjnego Paracoccus methylutens DM12., dr hab. Dariusz Bartosik
Magdalena Błaszczyk, Identyfikacja i charakterystyka elementów transpozycyjnych wybranych szczepów Paracoccus spp., dr Jadwiga Baj
Renata Welc, Molekularna charakterystyka systemu replikacyjnego plazmidu pMTH4 Paracoccus methylutens DH12., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Anna Pisarska, Analiza mutacyjna genu parB Pseudomonas aeruginosa., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

2003

Jakub Mondzelewski, Identyfikacja sekwencji centromeropodobnej systemu aktywnego rozdziału (par) megaplazmidu/minichromosomu pTAV3 Paracoccus versutus., dr hab. Dariusz Bartosik
Renata Zawadzka, Badanie regulacji ekspresji genów rep i par magaplazmidu/minichromosomu pTAV3 Paracoccus versutus., dr hab. Dariusz Bartosik

2002

Patrycja Dołowy, Molekularna charakterystyka systemu aktywnego rozdziału megaplazmidu/minichromosomu pTAV3 Paracoccus versutus., dr hab. Dariusz Bartosik
Marta Sochacka, Identyfikacja i charakterystyka sekwencji insercyjnych Paracoccus pantotrophus., dr hab. Dariusz Bartosik

2001

Michał Dmowski, Konstrukcja i charakterystyka minireplikonu plazmidu pAMI2 Paracoccus aminophilus., dr Jadwiga Baj
Adam Jujka, Oczyszczanie produktów dzikiej i zmutowanych form genu parB oraz porównanie ich zdolności do oligomeryzacji in vitro., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk
Jacek Łukasik, Identyfikacja i charakterystyka sekwencji insercyjnych (IS) w Paracoccus methylutens DM12., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

2000

Michał Szymanik, Identyfikacja sekwencji centromeropodobnej systemu aktywnego rozdziału minireplikonu typu repABC – pTAV320., dr hab. Dariusz Bartosik
Małgorzata Witkowska, Identyfikacja i wstępna charakterystyka w wybranych gatunkach rodzaju Paracoccus., prof. dr hab. Mirosława Włodarczyk

Prace licencjackie